Du nouveau dans la gestion de la faune sauvage

70 % des maladies infectieuses proviennent de la faune sauvage. La faune sauvage est en effet un hôte pour de nombreux pathogènes. Elle requiert donc toute l’attention des chercheurs et des pouvoirs publics, au titre de la santé humaine (virus Zika), de celle des animaux domestiques (le virus Schmallenberg a envahi en deux ans l’Europe), mais aussi bien sûr pour elle-même, confrontée à des phénomènes d’extinction.

La semaine dernière se tenait à VetAgro Sup le symposium faune sauvage, qui fêtait les 10 ans de la création du réseau des vétérinaires de faune sauvage. Le pôle faune sauvage apporte en effet depuis dix années une expertise pluridisciplinaire dans le domaine de la santé de la faune sauvage, en épidémiologie, mais aussi en économie et en sociologie.

Le réseau Vétérinaires Faune Sauvage fournit l’occasion de transmissions intergénérationnelles, entre professionnels retraités, professionnels en exercice et étudiants passionnés par les relations entre santé humaine, animale et des écosystèmes. Photo : Emmanuelle Gilot-Fromont

Car les connaissances et les représentations des populations, les contraintes et les opportunités institutionnelles sont apparues majeures dans le sort réservé à la faune sauvage. Les mutations sociales, à l’instar des mobilités, ne peuvent être ignorées, comme le montre aujourd’hui l’épisode de peste porcine africaine.

De l’exemple fameux de la crise du Bargy à l’influenza aviaire, les cas témoignent de l’importance de connaitre l’histoire de la surveillance pour réfléchir à son renouvellement.

Les vétérinaires au premier rang de la gestion de la faune sauvage

Le symposium a encore une fois mis en évidence la part importante des compétences des vétérinaires en lien avec la biodiversité et la faune sauvage. Organisé par Emmanuelle Gilot-Fromont (VetagroSup) et Elodie Montchartre (ANSES), le symposium réunissait les acteurs en lien avec la faune sauvage : l’ONCFS, l’INRA, un représentant de LVD, un représentant de Pasteur, des représentants des écoles vétérinaires de Nantes et de Toulouse, de la Tour du Valat, de l’ENSV, des praticiens en cliniques vétérinaires.

Si l’histoire des maladies infectieuses montre les liens tenaces entre santé animale et santé humaine (la peste hébergée chez le rat, le virus du sida d’abord apparu sous d’autres formes chez les animaux), et que beaucoup de maladies sont partagées par les hommes et les animaux (la grippe, par exemple), les jeunes vétérinaires ne prennent pas la place qu’ils pourraient prendre, selon Jean-François Cosse, vétérinaire, écologue et chercheur à l’INRA, dans l’unité BIPAR. Or selon le chercheur, « On est aussi légitimes, vétérinaires, que les médecins ».

Les relations entre la biodiversité et la santé étant pour le moins complexes, l’ensemble des participants au symposium s’accordent néanmoins sur la nécessité de dialogues interdisciplinaires et sur l’intérêt de maitriser les savoirs écologiques pour les vétérinaires, mais également les connaissances socio- et anthropologiques. Dans les études vétérinaires, l’épidémiologie, la parasitologie pourraient être avantageusement utilisées comme des passerelles vers l’écologie, et notamment l’écologie de la santé.  

Une révolution en surveillance : de nouveaux outils techniques et des sciences participatives

De nouvelles approches pour la surveillance des maladies infectieuses (dans le domaine animal et végétal) sont développées depuis les années 2010. Elles élargissent le champ des possibles et permettent d’être plus efficaces. En premier lieu, elles permettant de détecter des pathogènes (imaginés et pas imaginés) avant l’épidémie, dans un espace large. Nous savons maintenant que le virus Zika était présent deux ans avant son identification. En surveillant mieux le moustique, on aurait donc pu gagner du temps.

Or ces dernières années, la surveillance a connu une vraie révolution. Jusque-là, on surveillait un petit nombre de pathogènes connus et la génétique permettait de reconstituer a posteriori la dynamique spatiale et temporelle des pathologies. Mais les crises sanitaires sont imprédictibles et savoir ce qui s’est passé avant ne nous renseigne pas de manière satisfaisante sur ce qui se passera ensuite. Jusque-là, seuls les services administratifs surveillaient.

Désormais, l’on peut surveiller de nombreux pathogènes en même temps, y compris ceux qu’on ne connait pas. On peut suivre en temps réel leur dynamique, grâce à de nouveaux outils tels que les séquenceurs de poche. En extrayant l’ADN d’un taon ou d’autres insectes hématophages, l’on détermine de quoi l’animal s’est nourri et dans quelles conditions. L’on se donne ainsi de nouveaux indices pour surveiller Ebola en temps réel et permettre la prise de mesures concrètes telles que le transport d’animaux. Les délais entre la surveillance et l’action sont ainsi diminués.

Également, on peut impliquer les citoyens et l’ensemble des acteurs de la surveillance. Les citoyens peuvent participer à des collectes et pallier aux équipes scientifiques limitées. A titre d’exemple, une application a permis de recueillir plus de 14 000 signalements de piqûres de tiques (sur des animaux sauvages et domestiques et sur des humains) et de recevoir 4000 tiques en laboratoire. Rappelons que la maladie de Lyme n’est qu’une maladie connue sur une vingtaine de maladies transmises par les tiques. Les outils permettent d’analyser très vite ces données et les méthodes nouvelles accélèrent le temps de la recherche.

Ces méthodes posent aussi de nouvelles questions aux chercheurs qui veulent maintenir la participation des citoyens : comment animer ces plateformes ? comment assurer les retours vers les citoyens, alors que le temps de la recherche ne s’accorde pas nécessairement avec celui de l’éleveur ou du naturaliste ?

Les réseaux sociaux permettent de faire de l’épidémiologie participative ou encore de faire de la recherche à partir des données disponibles. Dans le second cas, il s’agit d’une surveillance dite passive qui consiste à réaliser du Data Mining, en repérant des mots-clés tels que « grippe » ou « dengue » sur Twitter.

La faune sauvage et l’élevage : un équilibre à trouver

Les interfaces entre la faune sauvage, la faune domestique et les hommes font l’objet d’une grande attention. Dominique Gauthier et Stéphanie Desveaux (ONCFS) font remarquer que la transmission des maladies entre ruminants domestiques et sauvages dépend des modes de cohabitation (gestion pastorale).

Du point de vue de l’élevage, l’interface faune sauvage/faune domestique désigne avant tout un risque à évaluer et à maitriser. Dans les zones témoignant de la recrudescence des foyers de tuberculose bovine, on veille en premier lieu à protéger les élevages des autres élevages, mais aussi à les protéger de la faune sauvage. Les éleveurs doivent par exemple surveiller les terriers actifs sur les pâtures et éviter que les bovins aient accès à des terriers de blaireaux. Ils doivent éviter d’installer des abreuvoirs proches des lisières de forêt, etc.

Trois tables rondes ont rythmé le vendredi après-midi : la surveillance de la faune sauvage, les interfaces faune sauvage/domestique/homme et maladies partagées, Santé et Biodiversité. Photo : Emmanuelle Gilot-Fromont

Construire ou laisser rentrer la biodiversité ?

La biodiversité se laisse parfois confondre avec une situation de monospécificité, notamment en milieu urbain, où certaines espèces telles que le rat ou le pigeon, qui sont bien des éléments de biodiversité, sont dominants en nombre. En l’absence de compétiteurs et de prédateurs, ils sont très compétitifs dans une communauté urbaine très peu diverse, ainsi que le rappelle Marion Vittecoq, écologue à la Tour du Valat.

Dans une approche One Health, Marion Vittecoq fait l’état des lieux des relations entre biodiversité et santé humaine, animale et des écosystèmes. Photo : Emmanuelle Gilot-Fromont

La réintroduction de la biodiversité correspond bien sûr à l’introduction d’un ensemble de pathogènes. Elle bouscule un certain nombre de représentations relatives à l’ordre et au contrôle de l’environnement. Dans les EHPAD, les jardins ou les activités en contact avec les animaux comportent de grands atouts aussi bien pour les usagers (sortie, effort, mémoire, activité…) que pour les professionnels y travaillant (communication avec les usagers, réduction du stress…). En même temps, un animal ne peut pas être dissocié de toute la faune microbiote qui l’habite. Un végétal non plus.

Les expériences en cours renouvèlent ainsi la question suivante : qu’est-ce qui est pathogène et quels rapports entretient-on avec les risques liés à la biodiversité, dont l’homme fait évidemment partie ? Avant de répondre à ces questions générales, une réflexion sur le choix des plantes et des animaux, celui des espaces offrira des réponses concrètes et au cas par cas.

Le symposium s’est prolongé par une sortie terrain, à la fondation Pierre Vérots, Domaine de Praillebard (Ain). Photo : Emmanuelle Gilot-Fromont

Enfin, la majorité des maladies aujourd’hui transmises le sont par les invertébrés. Les maladies changent leur morphologie : celles liées aux champignons deviennent très importantes. C’est surtout le cas dans le monde végétal mais aussi dans le monde animal, comme en atteste le syndrome du nez blanc chez les chauve-souris colonisées par un champignon. C’est une maladie préoccupante en Amérique qui ne pose aujourd’hui pas de problème visible en Europe. La surveillance doit s’adapter, tout comme la profession vétérinaire qui voit ses contours se redessiner en lien avec une vision qui met toujours plus l’accent sur les interactions entre toutes les formes et les échelles de biodiversité.

article rédigé par Amandine Gautier.